Настоящее исследование направлено на изучение основных процессов инновационного развития региональных предпринимательских структур, определяющих бизнес-модель деятельности в условиях структурной перестройки российской экономики. Цель. В соответствии с тенденциями мировой и российской экономики осуществить анализ состояния и тенденций инновационного развития предпринимательской деятельности на региональном уровне управления в России. Задачи. Выявление значимых факторов, определяющих формирование модели эффективной системы управления предпринимательской деятельности в РФ. Методология. В настоящей работе с помощью методических подходов менеджмента в различных аспектах рассмотрены инновационные изменения в предпринимательской деятельности, которые происходят в рамках российских предпринимательских структур с учетом быстро меняющейся внешней среды. Результаты. Российские регионы рассматриваются как комплексная социально-экономическая система, в которой особое место занимают инновационные процессы, обеспечивающие повышение конкурентоспособности и интенсификации деятельности хозяйствующих субъектов и инвестиционный потенциал, формируемый в результате создания благоприятных условий для привлечения финансовых потоков. Оптимальная система управления должна обеспечивать поступательное развитие экономического, социального, ресурсного и экологического блоков, которые направлены на социально-экономическое развитие региона. Управленческие решения должны обеспечивать устойчивость функционирования модели экономического роста России в долгосрочной перспективе. Глобальный экономический кризис и стагнация экономики приводит к снижению эффективности в системе управления инновационной деятельности предпринимательских структур из-за нарушения причинно-следственных связей между отдельными подразделениями и дефицитом финансовых ресурсов. Выводы. Факторы институциональной среды связаны с осуществляемыми на макроуровне экономики административными реформами, стадией цикла развития мировой экономики и инвестиционным потенциалом региона, которые оказывают влияние на условия стабильного ведения предпринимательской деятельности. Проблема стимулирования инновационной активности хозяйствующих субъектов РФ в большей степени связана с институциональными преобразованиями.